Der Río Paraguay durchfließt das Land von Norden nach Süden und gliedert es in zwei naturräumliche Teile, den dünn besiedelten Gran Chaco im Westen, der etwa 60 Prozent der Landesfläche einnimmt und den Oriente, die Ostregion, in der über 97 Prozent der Bevölkerung lebt. Der Gran Chaco ist eine schwach nach Osten geneigte, von 100 Meter im Sumpfland am Río Paraguay allmählich auf 450 Meter am Fuß der Anden ansteigende quartärzeitliche Aufschüttungsebene mit einheitlichem Landschaftscharakter. Er zeichnet sich durch einen Mangel an Süßwasser aus, das Grundwasser ist größtenteils hoch versalzen. Östlich des Río Paraguay erstreckt sich ein in der Cordillera de Caaguazú bis zu 700 Meter hohes subtropisches Tafel- und Bergland, das zu dem von paläozoischen und mesozoischen Sedimenten und mächtigen Basaltdecken, den so genannten Paraná-Basalten bedeckten, präkambrischen Brasilianischen Schild gehört. Es bricht in einer Stufe zur fruchtbaren Paraná-Paraguay-Senke ab, in deren südlichem Teil sich weite Sumpf- und Überschwemmungsgebiete erstrecken. Höchster Berg des Landes ist der Cerro Peró (Cerro Tres Kandú) mit 842 Metern Höhe.
