Honduras liegt an der breitesten Stelle der mittelamerikanischen Landbrücke und grenzt im Südosten an Nicaragua, im Nordwesten an Guatemala und im Südwesten an El Salvador. Die Südküste liegt am Nordpazifik, im Norden liegt das Karibische Meer. Hier reicht das von Flüssen, Sümpfen und Lagunen durchsetzte Küstentiefland 70 Kilometer ins Landesinnere hinein. Durch das vorwiegend gebirgige Land verläuft von Ost nach West ein Bergmassiv, das von mehreren Flüssen durchzogen wird. Die höchste Erhebung des Landes ist der Cerro Las Minas mit 2870 Meter Höhe. Dem Golf von Fonseca im Südwesten sind zahlreiche vulkanische Inseln vorgelagert. In den Tälern an der Karibikküste befinden sich zahlreiche Bananenplantagen. Der Großteil der Bevölkerung lebt im Westteil des Landes und im Departamento Cortés nördlich des Yojoa-Sees.
