Nicaragua wird parallel zur Pazifikküste von einer Kette aktiver Vulkane durchzogen, weshalb es auch das Land der tausend Vulkane genannt wird. Der Kratersee Laguna de Apoyo hat vor kurzem Berühmtheit erlangt. Hier konnte an Buntbarschen nachgewiesen werden, dass sich eine Art zu zwei verschiedenen Arten auch ohne deren räumliche Isolierung entwickeln können (sogenannte sympatrische Artbildung).
An der Pazifikküste liegen auch die Zentren und wichtigsten Siedlungsräume des Landes, während die östlichen und südlichen Landesteile dünn besiedelt sind. Zwei große Binnenseen prägen die Geographie – der größere Nicaraguasee (Lago Cocibolca) im Südwesten mit mehreren Inseln und der kleinere Managuasee im Westen. Aus dem Nicaraguasee entspringt der Fluss Río San Juan, der die Südgrenze des Landes bildet und in die Karibik mündet.
Der Osten des Landes bis zur Karibikküste ist eine große Regenwaldregion. Der nördliche Teil der Karibikküste wird auch Miskitoküste genannt.
Die höchste Erhebung ist der Pico Mogotón an der Nordgrenze mit 2438 Metern.
